El Directorio tiene a su cargo la dirección y administración de la Iglesia, en conformidad a los Estatutos de la Iglesia y a la ley, y por lo tanto debe procurar por todos los medios el cumplimiento de los objetivos religiosos, misionales y sociales de la Iglesia. Para ello esta investido de todas las facultades de administración necesarias con excepción de aquellas que son de la Asamblea General.
Los miembros del Directorio, como servidores de la congregación, están obligados a ejercer responsablemente sus funciones; deben servir de ejemplo a través de una conducta de vida cristiana y de trabajo en beneficio de la Iglesia. El Directorio está compuesto por 7 miembros que duran dos años en sus cargos, pudiendo ser reelegidos. Su nombramiento es por elección en la Asamblea General Ordinaria y son reemplazados en parcialidades de 3 y 4 en votación secreta. Todo miembro de la Corporación puede ser elegido en el cargo siempre y cuando al momento de la elección registre una afiliación de por lo menos un año y que esté al día en el pago de sus cuotas sociales. Los miembros del Directorio ejercen sus cargos en forma honorífica, sin remuneración alguna.
Por efecto de su ministerio el Pastor también integra el Directorio como asesor con derecho a voz. El Directorio sesiona por aproximadamente una vez al mes dejando constancia de las deliberaciones y acuerdos en un acta oficial.
Son atribuciones y deberes del Directorio entre otras: